L’Archivio Storico Provinciale dei Frati Minori di Puglia e Molise è stato costituito insieme alla fondazione della Provincia religiosa di San Michele Arcangelo di Puglia e Molise.
La Provincia nata con il decreto del ministro generale P. Luigi Lauer Nulla Fortassis est mundi plaga del 10/7/1899, con la denominazione di Provincia di San Michele Arcangelo in Puglia ha unificato in un’unica entità le precedenti province minoritiche di osservanti, riformati e alcantarini. Attualmente ha sede a Molfetta (BA) e raggruppa in una nuova circoscrizione i conventi delle antiche Province religiose dei Frati Minori Osservanti, dei frati Minori Riformati e dei Frati Minori Alcantarini dei territori di Bari, Foggia e Molise.
L’Archivio Storico della Provincia di San Michele Arcangelo dei Frati minori di Puglia e Molise, da sempre funzionante presso l’ente, riceve ufficiale decreto di costituzione il 15/8/2012, sebbene già l’8/10/2010 sia stato dichiarato di importante interesse culturale dal Ministero per i Beni e le Attività Culturali – Direzione regionale per i Beni Culturali e Paesaggistici della Puglia. Con permesso della Soprintendenza Archivistica di Puglia e Basilicata il 28/12/2019 è stato trasferito nella nuova sede appositamente realizzata presso il Convento-santuario di San Matteo in San Marco in Lamis (FG), dove si giova del supporto della Biblioteca francescana provinciale “P. A. Fania”. Da maggio 2021 aderisce al progetto CEI-Ar.
Il patrimonio archivistico originario si compone di lacerti degli archivi delle citate Province religiose anteriori alla soppressione postunitaria del 1866 e dai superstiti frammenti archivistici dei singoli conventi francescani. È di tutta evidenza l’importanza storica e l’utilità della documentazione in esso preservata, in quanto consente una vasta gamma di studi di storia del territorio e della popolazione, declinati sul versante sociale, religioso, economico, statistico, prosopografico, devozionale, liturgico, in un arco cronologico di tre secoli, dal 1599 al 1950, e con riferimento ad un’estesa area geografica.